Wonder Bowser jr. knuffel van ongeveer 27cm.

Wonder Bowser Jr. is een vorm van Bowser Jr. in Super Mario Bros. Wonder . Bowser Jr. kan deze vorm verkrijgen van de Wonder-kracht in paleizen . Wonder Bowser Jr. is donkerblauw van kleur, met groen vlamachtig haar en felgroene stekels op zijn paarse en oranje schild. Bovendien lijkt Bowser Jr.'s bandana in deze vorm op een berenval, met gloeiende groene randen erop. Zijn kleurenschema doet denken aan Dark Bowser uit Mario & Luigi: Bowser's Inside Story .

Mario en zijn vrienden vechten vier keer tegen Wonder Bowser Jr. terwijl ze door het Flower Kingdom reizen , en elke keer is het anders. In het eerste gevecht verandert de grootte van Wonder Bowser Jr. en Mario en zijn vrienden. In het tweede gevecht veranderen de stijgende en dalende platforms van substantie, zoals ijs en honing . In het derde gevecht vult water het scherm gedeeltelijk, met waterbellen die door de kamer stuiteren, en in het laatste gevecht creëert Wonder Bowser Jr. nepklonen van zichzelf, vergelijkbaar met Ludwig in New Super Mario Bros. U.

Wonder Bowser Jr. verschijnt ook aan het begin van het laatste level, The Final Battle! Bowser's Rage Stage , waar hij en twee Goomba's proberen Mario en zijn vrienden te stoppen met Wonder power, maar zowel hij als de Goomba's worden per ongeluk geraakt door Fire Knuckles .